Um dos pontos mais curiosos e estranhos do pensamento de Vieira é a sua crença – muito forte – de que Dom João IV haveria de renascer dos mortos para cumprir o seu destino, o de Portugal e o do mundo. Na sua defesa contra as acusações do Santo Ofício escreve este sumário das suas ideias neste ponto: “O Bandarra é profeta, o Bandarra profetizou que El-Rey Dom João o quarto há-de obrar muitas cousas, que ainda não obrou, nem pode obrar senão ressuscitando: logo El-Rey D. João o quarto há-de ressuscitar”. Vieira leva assim tão longe esta sua crença: não só o Rei vai ressuscitar, como terá que forçosamente de o fazer para que os gentios e descrentes heréticos, judeus e muçulmanos se convertam ao cristianismo e o adoptem como seu “monarca universal”, convencidos tão somente pelo espantoso milagre da sua ressuscitação… E Vieira acredita neste milagre, porque acredita (pelo menos a partir dos seus 51 anos) fielmente nas profecias de Bandarra: se este sapateiro de Trancoso profetizou correctamente para 1640 a Restauração do Reino e outros espantosos feitos para Dom João IV, como a tomada de Jerusalém ou a conquista do império dos turcos, e se morreu sem cumprir tais profecias, então, forçosamente, teria ressuscitar para completar essa derradeira, mas determinante parcela das profecias do Bandarra… Pois se uma profecia estava certa, então, forçosamente, igualmente certas também teriam que estar todas as demais.
Vieira acredita portanto na ressuscitação do Príncipe, mas não usa o título “Imperador do mundo”, ou mesmo “imperador do Quinto Império” (termo que curiosamente sobreviveria até hoje nas festas do Espírito Santo no Brasil e nos Açores). Vieira prefere temo de “Príncipe” e estabelece para o seu regresso milagroso um esboço programático que tem muito mais de religioso do que de laico ou temporal… “o fim da dita ressureição de nenhum modo o teve ele declarante por temporal, senão por muito espiritual, sobrenatural, e divino, qual é a conversão universal da Gentilidade, extirpação da heresia, redução dos judeus à Fé de Cristo, e ruína do Império Otomano”.Assim resumem os inquisidores esta parcela do pensamento do jesuíta… Repare-se como quase todos os pontos desta agenda são de índole religiosa, com excepção única do último ponto, necessário contudo por causa da possessão turca da Terra Santa e assim aqui presente, também ela, por causa das mesmas motivações religiosas… Ou seja, o “imperador do Quinto Império” (termo que Vieira evita), não o é,de facto, sendo essencialmente um “sumo-sacerdote” ou “papa temporal” do mundo convertido todo e monolíticamente às luzes do catolicismo.
